В 1360 году, на берегу Москвы–реки, недалеко от Кремля по благословению великого светильника Церкви Русской, святителя Алексия, митрополита Московского, основан Зачатьевский (Алексеевский) женский монастырь.
Первоначальницами этой первой на Москве девической обители стали родные сестры святителя – преподобные игумения Иулиания и монахиня Евпраксия. Деревянный храм обители был освящен во имя прп. Алексия, человека Божия, почему и именовалась обитель Алексеевской. Монастырь имел общежительный устав, по примеру Лавры прп. Сергия Радонежского, славился строгостью жизни и добродетельностью насельниц и послужил образцом для устройства других женских обителей. В 1514 г. иждивением Великого Князя Василия Иоанновича, чаявшего рождения наследника, была построена первая каменная соборная церковь, с престолом в честь Зачатия святой праведной Анны. Архитектором ее стал известный итальянский зодчий Алевиз Фрязин. Во время Большого Московского пожара 1547 года монастырь полностью сгорел. Царем Иоанном Васильевичем Грозным даруются земли в урочище Чертолье на устройство новой обители, куда и переводится Алексеевский монастырь с большинством сестер и всем монастырским хозяйством. Часть сестер остается на прежнем месте, освященном трудами почитаемых основательниц, прпп. Иулиании и Евпраксии, и трудится в надежде на восстановление монастыря, образуя собой малую обитель, именуемую «Зачатейской».
В народе монастырь прославился как место, где Божией благодатью подается помощь в чадородии. Посещали святую обитель и бездетные супруги царь Феодор Иоаннович и царица Ирина Годунова. В 1584г. царь Феодор, получив благословение святителя Иова, по обету восстанавливает Зачатьевский монастырь. Был отстроен соборный комплекс, состоящий из храма Зачатия святой праведной Анны с приделами во имя небесных покровителей царственной четы — великомученика Феодора Стратилата и мученицы Ирины, и церкви Рождества Пресвятой Богородицы с приделом святителя Алексия, митр.Московского и шатровой колокольней. Господь послал благочестивому государю дочь Феодосию.
В XVII-XVIII веке обитель благоукрашалась благодаря щедрым вкладам боголюбивых царей и знатных людей. Так, царь Алексей Михайлович пожертвовал в ризницу монастыря Евангелие в драгоценном окладе и напрестольный крест-мощевик, а его сестры-царевны были монастырскими насельницами . В 1696 г. на средства стольника Петра I А. Л. Римского-Корсакова был выстроен замечательный своей нарядностью и гармоничностью пропорций Надвратный храм в честь Нерукотворного Образа Спасителя, в подклете которого устроена была усыпальница рода Римских-Корсаковых и Шаховских.
Почитание основательниц обители, прпп. Иулиании и Евпраксии, с годами возрастало, и в 1766-1768 гг. на месте памятной каменной палатки конца XVI века усердием дворянской девицы-белицы Зачатьевского монастыря Анны Михайловны Аничковой возник маленький храм в честь иконы Божией Матери «Неопалимая Купина». Век спустя, в 1887 г. тщанием купчихи Акилины Алексеевны Смирновой он был расширен, объединен с Собором, образовав собой просторный и светлый придел, освященный в честь Казанской иконы Божией Матери.
Старанием попечительной игумении Доримедонты (Протопоповой), при содействии митрополита Московского Платона вместо обветшавшего старого был воздвигнут новый величественный храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы ( 1805-1807 гг.), с приделами свт.Алексия, св.вмч.Феодора Стратилата и Зачатия святой праведной Анны (на хорах) и колокольней. Строительство велось усердными искусными мастерами под руководством знаменитых русских архитекторов М.Ф. и М.М. Казаковых
Во время французского нашествия 1812 г. монастырь был разорен, но вскоре, милостию Божией, был восстановлен. В Соборе находилась святыня обители – чудотворная икона Божией Матери «Милостивая», перед которой совершались молебные пения с акафистом.
Ради заботы о престарелых немощных монахинях в 1846-1850 гг. по благословению святителя Филарета Московского иждивением В.М. Головиной (впоследствии игумении Веры) был возведен небольшой храм в византийском стиле, в честь Сошествия Святого Духа с богадельней. В начале XX века обитель украсилась еще одним строением — Новым трапезным корпусом с просторной трапезной палатой и мастерскими для монастырских рукоделий.
В 1925 г. обитель была закрыта, насельницы изгнаны, святыни преданы поруганию. Чудотворный образ Божией Матери «Милостивая», а также некоторые другие святыни удалось спасти, перенеся их в храм Пророка Божия Илии, что в Обыденском переулке. Настоятельница игумения Мария (Коробка) в последний раз благословила сестер и вручила обитель и насельниц попечению Царицы Небесной. В 1934 г. Собор и колокольня были взорваны, другие храмы и строения разрушены или перестроены. На месте собора было построено типовое здание школы. Священнослужители и многие насельницы монастыря претерпели гонения. Небольшая общинка уцелевших Зачатьевских сестер продолжила монастырскую жизнь при храме пророка Илии в Обыденском переулке.
В 1991 году Сестринством во имя Милостивой иконы Божией Матери при Ильинском храме были начаты труды по возрождению монастыря.
